A vallási üldözések elől Magyarországra vándorolt cseh szülők gyermeke, a Pozsony melletti Bazinban született Kupecky, hányatott élete során mindenkor Bohemus-nak, csehnek vallotta magát. Tanulmányait a források szerint a Bécsben és Magyarországon is működő, svájci festő, Benedikt Klaus oldalán kezdte. Alig húsz esztendős korában hosszú itáliai tanulmányútra indult és velencei, valamint római tartózkodás után csak 1709-ben, mintegy huszonkét évi távollét múltán tért vissza Bécsbe. Itáliai munkásságáról,fiatalkori hiteles műveiről keveset tudunk s nem kevés probléma övezi ausztriai letelepedését, bécsi tevékenységét is.

Egykorú életrajzírója, a svájci Johann Caspar Füssli szerint az apái hitéhez ragaszkodó, protestáns-huszita Kupecky a katolikus Bécsben, az udvar és az arisztokrácia által meghatározott környezetben visszahúzódott és magára maradt. Némiképp ellentmond ennek az elgondolásnak az a körülmény, hogy bécsi tartózkodása alatt a mester jelentős udvari megbízásokat is kapott, megörökítette a császári ház több tagját, Savoyai Jenő herceget, a főurak egy részét, sőt megfestette Karlsbadban I. Péter cár képmását is. E korszak gazdag oeuvre jéhez tartozik a Kupecky barátjairól, családjáról, önmagáról - s számos ma már ismeretlen személyről - készített portrék pompás sorozata.

1733-ban a feltételezett üldözések elől menekülve Kupecky családjával elhagyta Bécset, Nürnbergben telepedett le, s ott dolgozott 1740-ben bekövetkezett haláláig. Mint a korszak legjelentősebb németországi arcképfestőjét a német fejedelmek, egyházi személyek, módos kereskedők, tudósok egész sora foglalkoztatta s műveit részben még életében metszetek népszerűsítették. Hatása, művészi példája a tanítványok és követők révén hosszú időre és széles körben érvényesült.